Весной 1929 г. по инициативе академика В.В. Шулейкина на Южном берегу Крыма в пос. Кацивели была создана Черноморская гидрофизическая станция. Ее основная задача — проведение комплексных исследований процессов в прибрежной зоне моря.
Морской гидрофизический институт АН СССР был создан в 1948 г. в Москве на базе Черноморской гидрофизической станции АН СССР и Морской гидрофизической лаборатории (ранее отдел Института теоретической геофизики АН СССР). Его директором стал крупнейший ученый-океанолог В.В. Шулейкин (1895 - 1979).
Первые научные достижения Морского гидрофизического института (МГИ) связаны с именем академика В.В. Шулейкина. К наиболее значительным результатам этого периода можно отнести выполненные под его руководством исследования тепловых явлений в океане, теплового взаимодействия между океанами, атмосферой и материками, влияния Мирового океана на климат и погоду. Непосредственные наблюдения штормовых волн на Черноморской гидрофизической станции и их моделирование в штормовом бассейне заложили физические основы теории морского волнения. Перу В.В. Шулейкина принадлежит большое количество экспериментальных и теоретических трудов в области оптики и биофизики морской среды. Результаты исследований обобщены им в уникальной по широте охвата проблем монографии «Физика моря», отмеченной Государственной премией СССР (1942 г.).
В августе 1961 г. МГИ был передан в систему Академии наук УССР, а в 1963 г. перебазирован в Севастополь. Его директором стал академик АН УССР А.Г. Колесников (1907 - 1978).
В Севастополе институт был фактически создан заново. Он стремительно вошел в советскую и мировую океанологическую науку, став признанным авторитетом в области изучения физических процессов в Мировом океане, автоматизации океанографических исследований и морского приборостроения. Наиболее значимым результатом этого периода явилось открытие, экспериментальное и теоретическое исследование экваториального противотечения в Тропической Атлантике, названного именем М.В. Ломоносова. За это открытие в 1970 г. группе ученых МГИ (С.Г. Богуславский, Г.Н. Григорьев, А.Г. Колесников, Г.П. Пономаренко, А.С. Саркисян, А.И. Фельзенбаум, Н.К. Ханайченко) была присуждена Государственная премия СССР.
В 1974 - 1985 гг. МГИ возглавлял академик АН УССР Б.А. Нелепо (1932 -2007). За этот период учеными института были изучены закономерности формирования климата океана и его взаимодействия с атмосферой, циркуляции вод тропических регионов, мезомасштабной и синоптической изменчивости гидрофизических полей, их тонкой структуры, динамики поверхностных и внутренних гравитационных волн, а также проведены исследования в области гидрооптики, ядерной и физической химии моря. За цикл работ «Системные исследования Тропической Атлантики» сотрудники МГИ А.Г. Колесников, Б.А. Нелепо, А.А. Новоселов, И.Е. Тимченко, Н.З. Хлыстов были отмечены Государственной премией УССР (1979 г.). Интенсивно развивались работы физико-технического профиля с целью создания новых измерительных комплексов для исследований Мирового океана. Б.А. Нелепо был основателем нового научного направления исследований МГИ — спутниковой гидрофизики, которое по настоящее время является одним из основных в институте.
В эти годы с использованием океанографических ИСЗ были выполнены первые крупномасштабные долгосрочные эксперименты в Мировом океане, которые и стали основой уникального по информационным возможностям научного направления. За цикл исследований в области спутниковой гидрофизики Б.А. Нелепо и Ю.В. Терехину была присуждена Государственная премия СССР(1989 г.).
В 1985 г. директором МГИ стал академик НАН Украины В.Н. Еремеев, ныне генеральный директор Океанологического центра НАН Украины и директор Института биологии южных морей НАН Украины, заслуженный деятель наук и техники Украины, представитель Украины в Исполсовете МОК ЮНЕСКО, председатель Черноморского регионального комитета МОК ЮНЕСКО.
В эти годы в МГИ существенно усилились работы экологоокеанологической направленности, исследования по динамике сложных морских систем, спутниковой гидрофизике, численному моделированию динамики морской среды, информационному сопровождению исследований Mирового океана. Были интенсифицированы исследования по изучению физического и физико-химического взаимодействия водной среды с атмосферой донными отложениями, биогеохимической динамики сероводородной зоны. За цикл трудов этого направления А.А. Безбородову, В.Н.Еремееву, Л.М. Иванову была присуждена премия им. В.И. Вернадского АН УССР области геологии, геохимии, геофизики и гидрофизики (1989 г.).
Расширились международные научные связи института. В соответствии с Межправительственным соглашением Национальной академией наук Украины, которая была представлена МГИ, в г. Конакри Гвинейской Республики был создан совместный научный центр для проведения исследований в области океанографии, гелиофизики и испытаний конструкционных материале в условиях тропического климата. Он успешно функционировал с 1983 г 1993 г. и был передан в дар Гвинейской Республике.
Научные достижения МГИ этих лет в области физической и химической океанографии, геофизической гидродинамики, теории волновых процессов спутниковой океанологии, морских информационных систем и технологи получили известность и были востребованы в Украине и далеко за ее пределами. Это, в частности, нашло отражение в награждении в 1998 г. золотой медалью Ассоциации американских библиотек за лазерный диск «Геоинфомационная система для Черного моря» международного коллектива специалистов, в который входили и ученые МГИ, а также в присуждении премии им. В.И. Вернадского НАН Украины Н.П. Булгакову и С.Н. Булгакову цикл работ «Формирование и взаимодействие крупномасштабной циркуляции и стратификации вод Черного моря» (1998 г.).
В 2000 г. ученые института В.И. Беляев, Н.П. Булгаков, В.Н. Еремеев, В.А. Иванов в составе авторского коллектива были удостоены Государственной премии Украины в области науки и техники за цикл трудов «Региональная океанология: состояние среды и минерально-сырьевые ресурсы Атлантического, Индийского, Южного океанов и их морей».
Морской гидрофизический институт и Институт биологии южных морей НАН Украины с их подразделениями стали базовыми организациями для создания в 1999 г. в Севастополе Океанологического центра НАН Украины, объединившего морские коллективы страны. Генеральным директором центра является академик НАН Украины В.Н. Еремеев.
С апреля 2000 г. обязанности директора МГИ исполняет академик НАН Украины В.А. Иванов, заслуженный деятель науки и техники Украины. Под руководством В.А. Иванова в МГИ получили развитие исследования морских шельфовых зон в условиях антропогенной и техногенной нагрузок для решения задач оптимального планирования развития конкретного природного региона и осуществления максимально экономически обоснованного использования всех видов ресурсов шельфа одновременно с оздоровлением экологического состояния морской среды.
В последние годы исследования коллектива института сосредоточены на комплексном изучении Азово-Черноморского бассейна и отдельных стратегически важных для Украины районов Мирового океана. Целью этих работ является создание научных и технических основ междисциплинарного мониторинга, диагноза и прогноза состояния морской среды, глобальных и региональных вариаций климата, решения проблем рационального использования природных ресурсов, снижения негативных последствий природных катастроф, предотвращения негативных последствий антропогенного влияния на прибрежные акватории.
Ученые МГИ НАН Украины в рамках международного научного сотрудничества активно участвуют в разработке теории, технологических модулей и измерительных технических средств для формирования глобальной универсальной системы наблюдений за состоянием Черного моря. Созданы новые морские приборы, информационно-измерительные комплексы, сформированы базы и банки данных океанографических параметров Черного моря и Мирового океана, технологические компоненты спутникового контроля океанографических и геофизических объектов.
В нашей стране и за рубежом широко известны труды ученых МГИ в области динамики морских систем (В.И. Беляев, В.Н. Еремеев), физической океанографии (Ю.В. Артамонов, С.Г. Богуславский, Н.П. Булгаков, А.Х. Дегтерев, Л.М. Иванов, П.Д. Ломакин), гидрофизики шельфа (В.А. Иванов), теории поверхностных и внутренних волн (А.Е. Букатов, В.И. Власенко, С.Ф. Доценко, JLB. Черкесов), спутниковой океанологии (В.А. Дулов, Г.К. Коротаев, ВЛ. Кудрявцев, М.Е. Ли), климата морей и океанов (Е.Н. Воскресенская, В.В. Ефимов, А.Б. Полонский, Н.А. Тимофеев), циркуляции морей и океанов {С.Н. Булгаков, С.Г. Демышев, В.В. Кныш, Н.Б. Шапиро), системного анализа морской среды (И.Е. Тимченко), химической океанографии (С .К. Коновалов, Е.Е. Совга), морских информационных систем и технологий (В.Н. Еремеев, А.М. Суворов), автоматизации гидрофизических исследований (В.А. Гайский, B. M Кушнир), дрифтерных технологий исследования морской среды (С. В. Мотыжев). В последние 5 лет результаты исследований МГИ отмечены Государственной премией Украины (Г.К. Коротаев, С. В. Мотыжев), премиями НАН Украины им. В.И. Вернадского (В.А. Иванов, А.В. Прусов) и Совета Министров Российской Федерации (В. Н. Еремеев, Г. К. Коротаев).
На базе МГИ работают Комиссия по проблемам Мирового океана при Президиуме НАН Украины, которая осуществляет координацию всех фундаментальных океанологических исследований в Украине, и Координационный совет по созданию национального компонента глобальной системы наблюдений за состоянием Черного моря.
В последнее десятилетие институт был инициатором, участником и головным исполнителем более 22 национальных, ведомственных и международных программ и проектов, в том числе по линии ООН, ЮНЕСКО, Глобального фонда окружающей среды, ЕС, НАТО, Фонда гражданских исследований США, Украинского научно-технологического центра и других организаций.
На базе МГИ НАН Украины издается научно-теоретический «Морской гидрофизический журнал», который переиздается на английском языке издательством Springer. Институт издает также периодические сборники научных трудов” «Экологическая безопасность прибрежной и шельфовой зон и комплексное использование ресурсов шельфа», «Системы контроля окружающей среды» и книжную серию НАН Украины «Современные проблемы океанологии».
Результаты фундаментальных и прикладных исследований МГИ внедрены в производственных организациях и научных учреждениях Министерства экологии и природных ресурсов, Министерства образования и науки, Государственной геологической службы, Департамента рыбного хозяйства Министерства аграрной политики, Государственной гидрометеорологической службы, Национального космического агентства и Государственной гидрографии Министерства транспорта и связи Украины.
В настоящее время Морской гидрофизический институт — широко известный в стране и в мире океанографический научно-технический комплекс, включающий:
— собственно Морской гидрофизический институт в Севастополе (14 научных отделов);
— Отделение гидроакустики МГИ в Одессе;
— Экспериментальное отделение МГИ в пос. Кацивели (Крым);
— Специальное конструкторско-технологическое бюро МГИ в Севастополе;
— Научно-производственный центр «ЭКОСИ-Гидрофизика» в Севастополе (издательская деятельность).
В институте работают 478 сотрудников, в числе которых два академика НАН Украины (В.Н. Еремеев, В.А. Иванов), четыре члена-корреспондента НАН Украины (С.К. Коновалов, Г.К. Коротаев, А.Б. Полонский, Л.В. Черкесов), двадцать семь докторов наук и семьдесят кандидатов наук.
Подготовка научных кадров осуществляется в МГИ НАН Украины через аспирантуру и докторантуру по трем специальностям: геофизика (физика моря), океанология, приборы и методы контроля состояния веществ. При институте функционируют специализированные ученые советы по защите докторских и кандидатских диссертаций по физико-математическим и географическим наукам.
Морской гидрофизический институт имеет веб-страницу в Интернете (http://www.mhi.iuf.net). Здесь есть возможность получить информацию об истории и основных направлениях научных исследований института, участии в международных и национальных программах, о ведущих ученых МГИ и публикациях сотрудников.